Les fondations de l'actuelle association ont été établies en 1953 par quelques membres (e.a. J. & R. De Belder, R. Lenoir, Comte Ch. de Limburg Stirum, Baron A. de Radzitzky d'Ostrowick) de la Société Internationale de Dendrologie, elle-même créée en 1952 sous le nom d'Union Internationale de Dendrologie.
Principalement sous l'impulsion de l'ancien président Philippe de Spoelberch (actuellement président d'honneur) et de celle de MM. Michel Decalut et Jean-Claude Baudouin, l'association a commencé son rayonnement depuis 1988.
Avec l'appui d'un conseil d'administration actif, le nombre des membres s'est accru d'une cinquantaine de membres à plus de 500. Durant cette période, l'association a pris un nouveau visage avec la publication semestrielle d'une feuille de contact “Belgische Dendrologie Belge”, éditée par M. Michel Decalut. En 1993, les statuts ont été modifiés pour passer d'une association de fait à un statut d'association sans but lucratif.
A partir de 1994, la feuille de contact a été scindée en une ‘Newsletter' trimestrielle bilingue et une publication annuelle, les Annales.
En tant qu'éditeur-rédacteur des Annales, Roel Jacobs a assuré le lancement et la parution des premières publications; par la suite depuis 1997, Dirk De Meyere s'est associé à lui, pour devenir rédacteur en chef en 2000. Depuis 2016 (publication des annales 2015), Koen Camelbeke a repris la place de Roel Jacobs et est devenu l'éditeur responsable.
Depuis 2015, c'est M. Abraham Rammeloo qui est le président de la Société Belge de Dendrologie.